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用分子对接方法研究了HIV-1整合酶(Integrase,IN)二聚体与3′端加工(3′ Processing,3′-P)前的8 bp及27 bp病毒DNA的相互作用,并获得IN与27 bp病毒DNA的特异性结合模式.模拟结果表明,IN有特异性DNA结合区和非特异性DNA结合区;IN二聚体B链的K14,R20,K156,K159,K160,K186,K188,R199和A链的K219,W243,K244,R262,R263是IN结合病毒DNA的关键残基;并从结构上解释了能使IN发挥活性的病毒DNA的最小长度是15 bp.通过分析结合能发现,IN与DNA稳定结合的主要因素是非极性相互作用,而关键残基与病毒DNA相互识别主要依赖于极性相互作用.模拟结果与实验数据较吻合.
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高等学校化学学报
ISSN： 0251-0790
Year： 2008
Issue： 7
Volume： 29
Page： 1432-1437
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JCR@2022
ESI Discipline： CHEMISTRY;
JCR Journal Grade：3
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