基于国家主体功能区划的自然保护区被界定为禁止开发区域，必然要对其进行科学有效地实施生态补偿。本文阐明对我国自然保护区实施生态补偿的必要性，分析生态补偿机制的构建路径，探讨生态补偿标准的确定方法，对生态补偿的方式类型及自然保护区生态补偿机制的实施途径进行深入研究。生态补偿机制的构建路径涉及补偿主体与对象、补偿标准与尺度、补偿方式与途径以及法律保障等内容。生态补偿标准的确定是生态补偿机制建设中的重点与难点问题，需要依据生态保护者的直接投入与损失以及机会成本、生态破坏的恢复成本、生态受益者的获利、生态系统服务的价值等进行核算。其确定方法包括直接成本法、机会成本法、意愿调查法、市场法、生态系统服务功能价值法等。生态补偿的方式和途径是实施生态补偿机制的核心与关键，主要涉及政府与市场两种基本途径。对自然保护区这样的生态保护的重点功能区域，应该充分发挥政府的主导作用，中央与省级财政应加大纵向转移支付力度。同时，应积极引入市场机制，作为生态补偿机制建设的有益补充。