本发明公开了一种氨氧化古菌的实时荧光定量PCR检测方法，包括以下步骤：步骤1，引物的合成，其中，引物的序列为：正向引物AOA_amoA_F：5＇-TTCTACACAGACTGGGCGTG-3＇；反向引物AOA_amoA_R：5＇-GTTAGGTCCAAAAGCATCGC-3＇；步骤2，普通PCR、克隆与测序鉴定引物的特异性；步骤3，标准品质粒的制备；步骤4，实时荧光定量PCR反应体系和反应程序的建立；步骤5，标准曲线的绘制：步骤6，实时荧光定量PCR检测方法的评价。本发明的有益效果为：实时荧光定量PCR引物的特异性强，实时荧光定量PCR的检测方法具有灵敏度高、重复性及稳定性和准确性好，简便快速，可同时实现对于不同环境样品中氨氧化古菌的定量，对于研究氮循环及环境样品中的氨氧化过程具有重要意义。