蛋白质-DNA识别在生物过程中起着重要作用，其结合是由序列特异性识别和结构特征共同影响的。为了研究残基类型和蛋白质二级结构对结合的贡献，本文构建了一个新的非冗余蛋白质-DNA复合物数据库，其中包含1545个结构。经过统计分析发现，残基和二级结构类型对蛋白质与DNA结合有很大贡献，二级结构中π-helix和β-ladder是最偏好界面的类型。对蛋白质二级结构按界面偏好进行分类，构建了60　×　4氨基酸–核苷酸成对界面偏好性。从该偏好性中获得氨基酸界面偏好性，并探讨了将该信息用于预测蛋白质-DNA结合界面的可能性，研究对象为对接基准数据集中的47个复合物体系。结果发现成对界面偏好性信息可以将87.23%的体系的真实界面打分排在所有表面区域的前10%。这说明本文构建的60　×　4氨基酸–核苷酸成对界面偏好性很好地反映了蛋白质-DNA的界面识别，对界面和复合物结构预测具有重要意义。