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屈文燕 (屈文燕.) | 颜静 (颜静.) | 李晓毅 (李晓毅.) | 谭建军 (谭建军.)

Abstract:

长链非编码RNA (Long non-coding RNAs, lncRNAs)是细胞增殖和死亡的重要调控因子,它的失调可能会导致多种疾病发生。LncRNAs主要是通过与蛋白质相互作用(lncRNA-protein interactions, lncRPIs)来发挥生物学功能。因此,研究lncRPIs对了解lncRNAs的功能及相关疾病至关重要。目前,多数计算方法依赖于已知的验证过的lncRPIs构建模型,但经过实验验证的样本是有限的。MiRNAs主要是与mRNAs结合导致基因沉默,而lncRNAs可作为竞争性内源性RNA,竞争性的结合miRNAs来间接地调节基因表达。本文提出LPI-MAM方法,使用miRNAs作为中间体来扩大lncRPIs的预测范围。该方法将序列、结构和组成转换分布特征融合,输入卷积神经网络和独立循环神经网络的集成深度学习框架中。结果表明,LPI-MAM在基准数据集上取得了良好的性能。并且通过构建可视化交互网络发现该模型具有预测未知lncRPIs的能力。

Keyword:

Mediators LncRNA-蛋白质相互作用 组成转换分布 miRNA Deep Learning 中间体 深度学习 Composition Transformation Distribution MicroRNA LncRNA-Protein Interactions

Author Community:

  • [ 1 ] [李晓毅]北京工业大学环境与生命学院生物医学工程系,北京
  • [ 2 ] [颜静]北京工业大学环境与生命学院生物医学工程系,北京
  • [ 3 ] [屈文燕]北京工业大学环境与生命学院生物医学工程系,北京
  • [ 4 ] [谭建军]北京工业大学环境与生命学院生物医学工程系,北京

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Source :

计算生物学

ISSN: 2164-5426

Year: 2023

Issue: 2

Volume: 13

Page: 11-21

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