Abstract:
长链非编码RNA (Long non-coding RNAs, lncRNAs)是细胞增殖和死亡的重要调控因子,它的失调可能会导致多种疾病发生。LncRNAs主要是通过与蛋白质相互作用(lncRNA-protein interactions, lncRPIs)来发挥生物学功能。因此,研究lncRPIs对了解lncRNAs的功能及相关疾病至关重要。目前,多数计算方法依赖于已知的验证过的lncRPIs构建模型,但经过实验验证的样本是有限的。MiRNAs主要是与mRNAs结合导致基因沉默,而lncRNAs可作为竞争性内源性RNA,竞争性的结合miRNAs来间接地调节基因表达。本文提出LPI-MAM方法,使用miRNAs作为中间体来扩大lncRPIs的预测范围。该方法将序列、结构和组成转换分布特征融合,输入卷积神经网络和独立循环神经网络的集成深度学习框架中。结果表明,LPI-MAM在基准数据集上取得了良好的性能。并且通过构建可视化交互网络发现该模型具有预测未知lncRPIs的能力。
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计算生物学
ISSN: 2164-5426
Year: 2023
Issue: 2
Volume: 13
Page: 11-21
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