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Hrr25是酿酒酵母中具有丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶活性的I型酪蛋白激酶家族成员.在自噬过程中Hrr25可以磷酸化多种蛋白调控自噬过程,然而目前对Hrr25的作用底物分析仍不明确,存在巨大的科研探究价值.Hrr25相互作用蛋白的鉴定可以通过免疫沉淀结合质谱分析来实现.构建了表达Hrr25-13Myc蛋白的菌株,以Hrr25-13Myc为靶蛋白进行免疫沉淀,将免疫沉淀的样品进行质谱检测.利用Venny 2.1软件,得到在诱导自噬条件下与Hrr25特异性相互作用的蛋白.通过DAVID数据库进行基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因和基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genome,KEGG)基因富集.结果在诱导自噬条件下筛选出321种特异与Hrr25相互作用的蛋白,根据P＜0.05,GO富集共得到23项生物过程(biological process,BP)、16项细胞组成(cellular component,CC)、21项分子功能(molecular function,MF),KEGG富集分析到14条通路.通过免疫沉淀结合质谱技术,筛选出在自噬过程中与Hrr25互作的候选蛋白,为研究Hrr25与底物的相互作用及深入了解其调控自噬的分子机制提供新信息.

Keyword ：

酿酒酵母 质谱 Hrr25 自噬

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近红外光谱断层成像是一种可以获得乳腺组织内部光学特性，弥补传统乳腺影像学检查方法的不足，具有无创无辐射、高特异性等特性，在乳腺成像中有重要应用价值的光学成像技术。近红外光谱断层成像系统对该技术在乳腺疾病临床诊断中的应用起着重要的作用。然而，近红外光谱断层成像系统的空间分辨率低，限制了其在乳腺成像中的应用。将连续波模式与频域或时域测量模式相结合，并融合临床用的数字乳腺断层摄影、超声或核磁共振成像等技术有助于解决上述问题。先对近红外光谱断层成像系统的测量模式、多模态系统和多模态融合技术进行梳理、对比，然后介绍了该技术在乳腺成像中的最新应用，进一步讨论了乳腺近红外光谱断层成像系统未来的发展方向。

Keyword ：

生物光学 近红外光谱断层成像 乳腺成像 成像系统 多模态

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磁分离是从生物样本中富集特定目标物的常用方法。传统特异性磁分离方法一般通过将抗体与磁珠偶联获得免疫磁珠的方式用于特定目标物的捕获，但由于抗体有成本高、捕获目标物后不易释放等缺点，免疫磁珠难以满足众多研究领域对同时满足目标物大批量、高特异性富集的需求。核酸适配体同抗体一样具备目标物高特异性捕获的能力，相较抗体具有制备成本低、结构简单和化学稳定性高等优点，更适合用来大批量、高特异性富集特定目标物，因此在本研究中，本文利用石墨烯对单链和双链核酸的吸附能力不同的特性，以CD63适配体为例设计了一套可以将适配体展示于石墨烯表面并用于捕获、富集和释放目标物的方法。该设计主要包括2个单元，一是可以贴附于石墨烯表面并将CD63适配体展示于石墨烯外的双链寡核苷酸支架，二是采用与支架足部序列互补的单链寡核苷酸，将所捕获的目标物从石墨烯表面解吸附。本研究首先以氧化石墨烯(GO)纸为石墨烯界面，通过对支架或CD63蛋白等进行荧光标记，并对比支架释放前后及CD63蛋白捕获前后GO纸表面荧光强度变化表示其支架释放效果与CD63蛋白捕释情况，随后应用氨基修饰的石墨烯壳铁氮磁珠搭载CD63适配体双链支架，用于捕获细胞裂解液中CD63蛋白。结果表明，该支架可以将适配体展示于石墨烯表面捕获CD63蛋白并可以可控释放，使用挑选的改性石墨烯磁珠搭载该适配体双链支架，可以用于细胞裂解液中CD63蛋白的捕获。该方法有望实现多种蛋白质的特异性富集或通过捕获外泌体膜蛋白而富集外泌体等多种用途。

Keyword ：

磁分离 石墨烯 适配体 生物分离

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慈灯寺金刚宝座塔作为呼和浩特市的藏传佛教建筑文化遗产,具有独特的建筑形制和宗教内涵,学界目前对其的研究主要集中在雕刻、艺术等方面,并未对其建筑形制与深层内涵的特异性进行深度剖析.文章选取慈灯寺金刚宝座塔建筑作为主要研究对象,通过相关历史文献查阅、实地调查与比较分析的方法,从建筑形制与图像表达等角度出发,对其及同类型金刚宝座塔建筑进行研究分析,揭示慈灯寺金刚宝座塔的特异性价值,为保护和传承这一重要文化遗产提供理论和实践指导.

Keyword ：

建筑形制 比较分析 特异性 藏传佛教建筑 金刚宝座塔

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目的：利用Cre/iDTR系统特异性剔除Kupffer细胞，探究Kupffer细胞在对乙酰氨基酚(APAP)诱导的药物性肝损伤中的作用。方法：腹腔注射1μg白喉毒素(DT),流式细胞术检测注射后肝脏Kupffer细胞的清除效率。接着将Clec4f~(Cre/iDTR)小鼠分为4组，分别是对照组、注射DT组、注射APAP组及注射DT和APAP组，饥饿18 h后腹腔注射300 mg/kg APAP,建立急性药物性肝损伤模型。酶联免疫吸附试验(ELISA)和细胞因子微球检测(CBA)技术检测血清中丙氨酸氨基转移酶(ALT)、天冬氨酸氨基转移酶(AST)的释放和炎症因子的分泌；苏木精-伊红(HE)染色和原位末端转移酶标记法(TUNEL)染色检测肝组织的坏死和肝细胞的凋亡；免疫组织化学检测肝脏炎性细胞的浸润；免疫印迹法检测肝组织中信号通路的活化；定量聚合酶链反应(qPCR)检测肝脏中炎症因子的mRNA表达水平。结果：清除Kupffer细胞，降低APAP模型血清中ALT、AST转氨酶的释放，减轻肝组织坏死和肝细胞凋亡。与对照组相比，清除Kupffer细胞抑制血清中TNF-α、IL-6等炎症因子的分泌，减少肝脏F4/80~+、Ly6G~+细胞的浸润，降低TNF-α、IL-6等炎性因子的mRNA水平以及JNK炎症通路的活化。结论：清除Kupffer细胞可显著缓解APAP诱导的药物性肝损伤，明确了Kupffer细胞在APAP致肝损伤中的重要作用。

Keyword ：

Kupffer细胞 药物性肝损伤 炎症 对乙酰氨基酚 Cre/iDTR系统

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肿瘤疫苗(cancer vaccines, CVs)是将肿瘤抗原导入患者体内，激活患者自身免疫系统，使机体产生特异性免疫应答，从而对抗肿瘤的一种治疗手段。肿瘤疫苗在癌症免疫治疗时代备受关注，现代免疫学和疫苗技术的突破性进展使得新一代疫苗在识别可以导致强烈和广泛T淋巴细胞反应的抗原、高效抗原呈递、克服癌细胞逃避和抑制免疫系统等方面得以改进，为癌症患者带来了福音。纳米载体系统提供了一种创新性呈递肿瘤抗原的手段，能够有效提高疫苗的稳定性和特异性，弥补了传统疫苗靶向性不足和提呈效率不高的缺点，成为癌症免疫治疗的重要组成部分。此外，纳米颗粒本身还具有辅助特性，可以作为免疫激活剂发挥作用。基于纳米技术的肿瘤疫苗具有特异性递送抗原、提升疫苗免疫反应强度以及降低不良反应等诸多优点，因此极具发展前景。综述近年来肿瘤抗原、佐剂以及不同来源及制备方式的纳米递送载体的研究进展，为肿瘤疫苗的相关研究提供参考。

Keyword ：

佐剂 肿瘤疫苗 肿瘤抗原 纳米技术

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该实验设计旨在指导学生使用不同的PCR衍生技术进行基因分型检测。实验设计了高分辨率熔解曲线分析（PCR-HRM）、等位基因特异性PCR(AS-PCR)和TaqMan探针三种PCR方法，检测了ADH1B rs1229984位点的基因多态性。三种PCR检测结果与Sanger测序结果一致。通过该实验，学生能够学习基因多态性的分子机制和相关检测技术，提高动手实操能力，还能学习利用软件和算法设计复杂PCR引物和探针方法及其在临床诊断中的应用。

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等位基因特异性PCR 高分辨熔解曲线 基因多态性 TaqMan探针 乙醇脱氢酶1B

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外泌体(Exosome)的分析检测对于疾病的早期诊断和治疗具有重要意义.本研究利用碱基与石墨烯的π-π相互作用将三螺旋结构DNA(tsDNA)组装在电化学还原氧化石墨烯(ERGO)的表面,制备了三脚架(Tripod)DNA探针,并通过悬于探针顶端的膜蛋白(CD63)适配体(apt)序列特异性捕获外泌体,同时引入血红素增强鲁米诺(Luminol)-过氧化氢(H2O2)电化学发光(ECL)体系的信号强度.此生物传感器的ECL强度与外泌体浓度在70～1.4×106 particles/μL范围内呈良好的线性关系,检出限低至30 particles/μL(S/N=3).这种三脚架结构的DNA较双链或单链DNA具有大的探针间距,使其更有利于较大目标物的捕获和检测,有望应用于临床样品的分析测定.

Keyword ：

外泌体 适配体 三脚架DNA 电化学发光 生物传感器

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变构是调节蛋白质功能的重要机制，对许多生物过程至关重要。变构调节剂比正构剂具有更高的特异性和更低的毒副作用，这使得变构药物设计比正构药物设计有更多的优势。变构位点的发现是变构药物设计的前提，目前实验上获得的变构位点多是偶然所得，因此亟待发展有效的理论方法来预测蛋白质变构位点。本工作提出了一种集成的机器学习方法AllosEC用于预测蛋白质变构口袋，该方法除了考虑口袋的理化性质外，还加入了口袋的二级结构信息、深度指数(DPX)和突出指数(CX)特征。另外，为了克服正负样本极度不平衡的问题，本工作使用欠采样方法来平衡训练数据集。在独立测试集上，AllosEC在多个评价指标上优于现有的其他方法，SEN、SPE、PRE和MCC分别为0.708、0.915、0.405和0.486。这样，本工作提供了性能良好的蛋白质变构位点预测方法AllosEC。Allostery is an important mechanism for regulating protein functions, which is essential for many biological processes. Compared with orthosteric regulators, allosteric regulators have higher specificity and lower toxicities, which makes allosteric drug design have more advantages than orthosteric drug design. The discovery of allosteric sites is a prerequisite for allosteric drug design. Currently, experimentally obtained allosteric sites are mostly obtained by chance, and therefore there is an urgent need to develop effective theoretical methods to predict protein allosteric sites. Here, we present an ensemble machine learning method AllosEC for protein allosteric pocket prediction, where besides the pockets’ physicochemical properties, their secondary structure information, depth indexes (DPXes) and protrusion indexes (CXes) are considered. In order to overcome the problem of extreme imbalance between positive and negative samples, this work uses an under sampling method to balance the training dataset. AllosEC outperforms other existing methods in multiple evaluation metrics on the independent test set, with SEN, SPE, PRE and MCC of 0.708, 0.915, 0.405 and 0.486, respectively. Thus, this work provides a good method AllosEC for protein allosteric site prediction.

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二级结构 Secondary Structure 蛋白质变构 Ensemble Model 理化性质 Protein Allostery Physicochemical Properties 集成模型

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为了实现快捷、准确检测抗生素抗性基因,提高环境监测与治理能力,建立了一种基于重组酶介导等温核酸扩增技术(recombinase-aided amplification,RAA)的四环素抗性基因tet(A)的快速检测方法.该检测方法以tet(A)基因序列保守区为靶序列,设计其RAA引物,筛选并优化RAA引物探针,建立荧光tet(A)-RAA快速检测方法.结果表明,该tet(A)-RAA法在39℃恒温条件下30 min内即可特异性实现对tet(A)基因片段的有效扩增,与无抗性细菌均无交叉反应.且采用该方法对18个环境样品进行检测,阳性率为100％,与qPCR方法检测结果一致.该四环素抗性基因tet(A)的检测方法灵敏度高、特异性强、反应时间短、操作简便,可用于对抗性基因tet(A)的快速检测,也为开发其他抗生素抗性基因快速检测方法提供了参考.

Keyword ：

环境检测 快速检测 重组酶 四环素 抗性基因tet(A) 等温扩增

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