为保障南水北调中线总干渠水质安全，以河南焦作某内排段为研究对象，基于GMS地下水数值模拟系统对逆止阀处地下水流向流线、进入量及其对干渠水质影响进行了模拟分析.由8种水量情景模拟结果得出：逆止阀处地下水进入量主要受地下水和总干渠水位差的影响，二者呈正相关.以SO2-4、NH3-N、NO3-N为分析因子，假定总干渠水质类别为Ⅱ类水，通过最差情况分析得出：地下水经逆止阀进入总干渠后，干渠水中SO2-4、NH3-N、NO3-N浓度值均超标，水质类别降为Ⅲ类水.采用逆推法分析得出：当干渠水中SO2-4、NH3-N、NO3-N质量浓度分别不超过221.6768、0.0679、9.0832　mg/L时，即便污染的地下水通过逆止阀进入到总干渠，也能保证干渠水符合Ⅱ类水质标准.