理论和实验研究表明,蛋白质天然拓扑结构对其折叠过程具有重要的影响.采用复杂网络的方法分析蛋白质天然结构的拓扑特征,并探索蛋白质结构特征与折叠速率之间的内在联系.分别构建了蛋白质氨基酸网络、疏水网、亲水网、亲水一疏水网以及相应的长程网络,研究了这些网络的匹配系数(assortativity　coefficient)和聚集系数(clustering　coefficient)的统计特性.结果表明,除了亲水-疏水网,上述各网络的匹配系数均为正值,并且氨基酸网和疏水网的匹配系数与折叠速率表现出明显的线性正相关,揭示了疏水残基间相互作用的协同性有助于蛋白质的快速折叠.同时,研究发现疏水网的聚集系数与折叠速率有明显的线性负相关关系,这表明疏水残基问三角结构(triangle　construction)的形成不利于蛋白质快速折叠.还进一步构建了相应的长程网络,发现序列上间距较远的残基接触对的形成将使蛋白质折叠进程变慢.