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对于一组给定的DNA或蛋白质序列,UPGMA算法构建的二叉进化树可能是不惟一的,其具体拓扑结构与序列输入顺序相关,这一现象通常被称为＂tied trees＂.提出了UPGMA的一种改进算法--不加权算术平均组群方法(UMGMA),用以解决UPGMA树的不惟一问题.在UPGMA树惟一时,该方法产生的进化树与UPGMA树相同;而在UPGMA树不惟一时,该方法可以产生一棵惟一的、与序列输入顺序无关的多叉进化树,而且该算法还具有一个可调的容差参数,来控制生成进化树的主要分枝结构,这对于突出大规模进化树的总体脉络具有重要意义.
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生物信息学
ISSN： 1672-5565
Year： 2007
Issue： 4
Volume： 5
Page： 160-162
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