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沈龙珠 (沈龙珠.) | 李春华 (李春华.) (Scholars:李春华) | 马晓慧 (马晓慧.) | 常珊 (常珊.) | 陈慰祖 (陈慰祖.) | 王存新 (王存新.)

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CQVIP PKU CSCD

Abstract:

在不同类型复合物结合界面的物理化学特征不同的基础上,针对较难预测的Other类型复合物设计出特异性打分函数,用于在对接过程中挑选出有效结构.该函数由原子接触能(EACE)、范德华和静电相互作用能组成,通过多元线性回归方法获得各项的权重系数.对来自CAPRI benchmarkl中17个Other类复合物例子进行打分测试.结果表明,组合打分能够刻画出Other类型复合物单体间相互作用的特征,反映出复合物形成前后的能量变化,具备一定的从众多样本中筛选出有效结构的能力.相对于残基成对势(RP),该组合打分获得了更高的打分成功率.对CAPRI第八轮竞赛中两个结构预测模型进行打分排序,该组合打分也体现出强于RP的鉴别有效结合模式潜力.

Keyword:

CAPRI 残基成对势 原子接触能 打分函数 Other类复合物

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Source :

物理化学学报

ISSN: 1000-6818

Year: 2006

Issue: 5

Volume: 22

Page: 622-626

1 0 . 9 0 0

JCR@2022

ESI Discipline: CHEMISTRY;

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