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卢本卓 (卢本卓.) | 王存新 (王存新.) | 王宝翰 (王宝翰.)

Indexed by:

CQVIP PKU CSCD

Abstract:

用“相对熵”作为优化函数 ,提出了一个有效快速的折叠预测优化算法 .使用了非格点模型 ,预测只关心蛋白质主链的走向 .其中只用到了蛋白质主链上的两两连续的Cα 原子间的距离信息以及 2 0种氨基酸的接触势的一个扩展形式 .对几个真实蛋白质做了算法测试 ,预测的初始结构都为比较大的去折叠态 ,预测构象相对于它们天然结构的均方根偏差 (RMSD)为 5~ 7 .从原理上讲 ,该方法是对能量优化的改进 .

Keyword:

非格点模型 蛋白质折叠预测 优化方法 相对熵

Author Community:

  • [ 1 ] 中国科学技术大学天文与应用物理系
  • [ 2 ] 北京工业大学生命科学与生物工程学院
  • [ 3 ] 中国科学院生物物理研究所 合肥230026
  • [ 4 ] 北京100022
  • [ 5 ] 北京100101

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Source :

化学物理学报

Year: 2003

Issue: 02

Page: 117-121

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