在京津冀协同发展上升至国家战略的背景下，基于复合系统协同度模型，从创新投入、创新产出、高等教育与环境保障等三个子系统选取23个序参量分量，使用动态因子赋权法构建京津冀高等教育协同创新测度指标，从协同水平的动态变化和影响因素两个方面进行实证研究。结果表明：津、冀两地创新产出能力不足是导致京津冀协同水平上升缓慢的主要原因；教育支出、第三产业比例、对外开放程度和技术市场水平会显著影响京津冀各地方内部协同创新水平；而京津冀整体高等教育协同创新水平易受政府政策的影响，对产业结构则并不敏感。由此，京津冀地区应不断强化人才、教育、资源共享机制并优化各区域分工合作，加大对河北地区的政策倾斜，共建高协同水平的京津冀科技创新共同体。