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付继鹏 (付继鹏.) | 韩振波 (韩振波.) | 李晓琴 (李晓琴.) | 王猛 (王猛.)

Abstract:

目的:肾细胞癌(Renal Cell Carcinoma, RCC)不是单一疾病,而是几种具有不同遗传驱动因素、临床病程和治疗反应的组织学定义的癌症。为了研究不同肾细胞癌亚型的分子特征,本文提出了一个筛选肾细胞癌亚型分类的流程图,并对亚型的特征基因进行了分析。方法:基于DNA甲基化和基因表达数据,综合统计学方法和机器学习方法,筛选了与肾细胞癌三种亚型相关的特征基因集,并构建了一个肾细胞癌亚型分类模型。结果:本文筛选得到了6个分类特征基因;构建的分类器准确性达到96.6%,精确性和敏感性分别是93.4%、94.7%;独立检验集的准确性为93.1%。对肾细胞癌亚型相关的特征基因集进行富集分析发现:肾透明细胞癌主要与免疫系统的负调节和白细胞增殖与黏附等相关通路有关,肾乳头状细胞癌和肾嫌色性细胞癌都与肾脏和肾脏系统的发育有关。结论:本文通过构建分类模型实现了肾细胞癌亚型的三分类,结果对了解肾细胞癌的亚型形成机制及分类诊断治疗具有一定指导意义。

Keyword:

肾细胞癌 DNA甲基化 基因表达 DNA Methylation Gene Expression 机器学习 Machine Learning Renal Cell Carcinoma

Author Community:

  • [ 1 ] [付继鹏]北京工业大学环境与生命学部,北京
  • [ 2 ] [李晓琴]北京工业大学环境与生命学部,北京
  • [ 3 ] [韩振波]北京工业大学环境与生命学部,北京
  • [ 4 ] [王猛]北京工业大学环境与生命学部,北京

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Source :

生物物理学

ISSN: 2330-1686

Year: 2023

Issue: 1

Volume: 11

Page: 1-16

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