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刘梦曦 (刘梦曦.) | 赵宇 (赵宇.) | 李悦 (李悦.) (Scholars:李悦) | 张小轶 (张小轶.)

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目的:构建肺腺癌发生发展过程中的动态五节点ceRNA调控网络,挖掘核心基因,为肺腺癌诊断及预后提供新思路。方法:从TCGA及GEO数据库获得肺腺癌mRNA、lncRNA、miRNA、circRNA、TF表达数据,将患者样本根据临床分期分为癌旁样本、早期样本(stage I期)、晚期样本(stage II、III、IV期),并将癌旁与早期、早期与晚期分别进行差异分析,将两组差异结果取交集,基于ChipBase、HOCOMOCO V11、AnimalTFDB、GTRD、TransmiR、TRRUST、CircBank、Starbase、miR2Disease、miRecords、miRTarBase和TarBase、LncBase、LncLocator数据库获得调控关系对,构建五节点ceRNA调控网络,对网络中的靶基因进行GO富集以及构建PPI网络挖掘核心基因。结果:构建了随分期动态变化的LUAD 5节点ceRNA调控网络,网络中的靶基因主要富集在脂肪酸代谢和突触成熟等生物过程中,最后获得与肺腺癌发生发展有关的8个核心基因NEFL、RBP4、FGA、SLC2A1、ALB、AFP、SLC7A5、DKK1。结论:调控网络中靶基因富集的相关通路以及8个核心基因NEFL、RBP4、FGA、SLC2A1、ALB、AFP、SLC7A5、DKK1为肺腺癌发生发展过程的机制分析、诊断及预后提供新思路。

Keyword:

Bioinformatics 调控网络 生物信息学 LUAD ceRNA Regulatory Network

Author Community:

  • [ 1 ] [刘梦曦]北京工业大学化学与生命科学学院,北京
  • [ 2 ] [赵宇]北京工业大学化学与生命科学学院,北京
  • [ 3 ] [李悦]北京工业大学化学与生命科学学院,北京
  • [ 4 ] [张小轶]北京工业大学化学与生命科学学院,北京

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Source :

生物医学

ISSN: 2161-8976

Year: 2024

Issue: 2

Volume: 14

Page: 267-277

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