Fungal　overgrowth　in　halophilic　aerobic　granular　sludge　(HAGS)　is　a　severe　problem,　leading　to　granule　disintegration.　However,　it　is　still　mostly　unclear　how　to　control　fungal　overgrowth.　This　study　explored　the　effects　of　carbon　availability　in　saline　wastewater　with　a　salinity　of　20　g/L　on　fungal　and　bacterial　population　sizes,　community　compositions,　and　network　interactions　in　HAGS　by　manipulating　different　carbon-to‑nitrogen　ratios　(C/N).　Bacterial　population　size　increased　from　6.42　×　106　copies/ng　DNA　to　8.67　×　106　copies/ng　DNA　as　the　C/N　ratio　increased　from　4　to　20.　In　contrast,　fungal　population　size　decreased　from　1.24　×　106　copies/ng　DNA　to　8.05　×　103　copies/ng　DNA.　The　maximum　removal　rate　of　ammonia　by　fungi　decreased　from　5.02　±　0.04　mg·L−1·h−1　to　1.72　±　0.30　mg·L−1·h−1.　Nitrosomonas,　Thauera,　and　Planktosalinus　competed　for　nutrients　with　the　dominant　fungi　Cosmospora,　being　in　antagonism.　Carbon　availability　in　the　saline　wastewater　could　regulate　the　population　of　bacteria　and　fungi,　laying　a　theoretical　foundation　for　controlling　HAGS　disintegration.　©　2024　Elsevier　B.V.