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刘奕冉 (刘奕冉.) | 李雅琪 (李雅琪.) | 徐宏庭 (徐宏庭.) | 肖向茜 (肖向茜.) | 盛望 (盛望.)

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目的:利用生物信息学方法筛选与预后相关的肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)氧化应激(oxidative stress,OS)相关的长非编码 RNA(long non-coding RNA,lncRNA)并进行实验验证.方法:下载癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中的HCC相关表达谱数据和临床数据,通过R语言分析差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)和OS相关lncRNA.通过接受者操作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线及Lasso回归分析验证风险模型可靠性.采用Kaplan-Meier生存分析评估患者生存时间.使用Nomogram构建一个临床病理变量和风险评分的模型用于预测患者1年、3年和5年的生存率.通过RT-qPCR、集落形成、细胞划痕、Transwell和细胞周期检测等方法对生物信息学结果进行体外验证.结果:回归分析获得 8 个与预后相关的 lncRNA(TMEM220-AS1、AC012360.2、SNHG3、GASAL1、PCAT6、AC009005.1、AL031985.3、AC009403.1),并用于构建预后模型.AC009005.1在肿瘤细胞中高表达,干扰AC009005.1后显著抑制肿瘤细胞侵袭、迁移和增殖.

Keyword:

预后模型 氧化应激 lncRNA AC009005.1 肝细胞癌

Author Community:

  • [ 1 ] [徐宏庭]北京工业大学化学与生命科学学院 药物研究所 北京 100124
  • [ 2 ] [刘奕冉]北京工业大学化学与生命科学学院 药物研究所 北京 100124
  • [ 3 ] [肖向茜]北京工业大学化学与生命科学学院 药物研究所 北京 100124
  • [ 4 ] [李雅琪]北京工业大学化学与生命科学学院 药物研究所 北京 100124
  • [ 5 ] [盛望]北京工业大学化学与生命科学学院 药物研究所 北京 100124

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Source :

中国生物工程杂志

ISSN: 1671-8135

Year: 2024

Issue: 12

Volume: 44

Page: 31-50

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