Abstract:
目的:利用生物信息学方法筛选与预后相关的肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)氧化应激(oxidative stress,OS)相关的长非编码 RNA(long non-coding RNA,lncRNA)并进行实验验证.方法:下载癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中的HCC相关表达谱数据和临床数据,通过R语言分析差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)和OS相关lncRNA.通过接受者操作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线及Lasso回归分析验证风险模型可靠性.采用Kaplan-Meier生存分析评估患者生存时间.使用Nomogram构建一个临床病理变量和风险评分的模型用于预测患者1年、3年和5年的生存率.通过RT-qPCR、集落形成、细胞划痕、Transwell和细胞周期检测等方法对生物信息学结果进行体外验证.结果:回归分析获得 8 个与预后相关的 lncRNA(TMEM220-AS1、AC012360.2、SNHG3、GASAL1、PCAT6、AC009005.1、AL031985.3、AC009403.1),并用于构建预后模型.AC009005.1在肿瘤细胞中高表达,干扰AC009005.1后显著抑制肿瘤细胞侵袭、迁移和增殖.
Keyword:
Reprint Author's Address:
Email:
Source :
中国生物工程杂志
ISSN: 1671-8135
Year: 2024
Issue: 12
Volume: 44
Page: 31-50
Cited Count:
SCOPUS Cited Count:
ESI Highly Cited Papers on the List: 0 Unfold All
WanFang Cited Count:
Chinese Cited Count:
30 Days PV: 10
Affiliated Colleges: