[目的]对冬虫夏草菌ITS基因序列及其寄主蝙蝠蛾COI基因序列进行系统发育学分析,研究其遗传分化和变异程度.[方法]采用系统发育分析法,分析ITS基因、COI基因序列并构建系统发育树,计算序列单倍型多样性(Hd)、核苷酸多态性(Pi).[结果]冬虫夏草菌ITS基因序列可分为17个单倍型,Hd=0.875,Pi=0.001　19;寄主蝙蝠蛾COI基因序列可分为18个单倍型,Hd=1.000,Pi=0.000　34.利用基因替代速率推测冬虫夏草菌至少起源于58.3百万年前,寄主蝙蝠蛾约起源于17.5百万年前.[结论]冬虫夏草菌及其寄主蝙蝠蛾的遗传差异均与所处纬度无关,且遗传距离与地理距离无相关性;中国主产区冬虫夏草菌及其寄主蝙蝠蛾群体具有丰富的遗传和分化多样性,可能是冬虫夏草菌及其寄主蝙蝠蛾的起源之一;冬虫夏草菌的分化时间明显早于寄主蝙蝠蛾,推测冬虫夏草菌在寄生蝙蝠蛾之前可能以土生方式存在或者有另外的寄主,在寄生蝙蝠蛾后二者产生了协同进化关系,并促使寄主蝙蝠蛾的多样性分化.