The　partial　nitritation-anammox　(PNA)　process　is　the　most　promising　technique　to　treat　municipal　sewage;　however,　nitrite　oxidizing　bacteria　(NOB)　are　a　hindrance　to　achieve　PNA.　This　study　investigated　the　effects　of　selectively　discharging　flocs　(＜200　mu　m)　to　washout　NOB　in　a　sequencing　batch　reactor　(SBR)　over　200　d.　The　experiment　was　divided　into　three　phases　with　different　floc　sludge　retention　times　(SRTs;　30,　20　and　30　d).　When　the　SRT　of　the　flocs　was　reduced　from　30　to　20　d　to　washout　NOB,　a　significant　reduction　of　ammonia　oxidizing　bacteria　(AOB)　and　anaerobic　ammonium-oxidizing　(anammox)　bacteria　in　the　flocs　was　found.　This　indicates　that　a　low　floc　SRT　(20　d)　leads　to　the　loss　of　AOB　and　anammox　bacteria　in　the　flocs　(＜200　mu　m)　and　destroys　PNA.　Activity　tests　and　qPCR　analysis　revealed　the　variations　of　functional　bacteria　in　the　granules　and　flocs,　indicating　that　the　enrichment　of　AOB,　NOB,　anammox　bacteria　in　the　granules　is　caused　by　the　long-term　discharging　of　flocs.　High-throughput　sequencing　analysis　revealed　that　the　microbial　shift　of　Tetrasphaera　was　significant　in　the　flocs　and　may　be　connected　to　the　enrichment　of　anammox　bacteria　and　the　stability　of　the　PNA　requires　further　research.　All　the　obtained　NOB　sequences　were　affiliated　with　the　genera　Nitrospira　and　could　further　influence　the　PNA　system.　Overall,　this　study　provides　an　in-depth　understanding　of　the　impact　of　discharging　flocs　to　washout　NOB　and　promotes　the　application　of　combing　granules/floc　PNA　in　sewage　treatment.　(C)　2019　Elsevier　Ltd.　All　rights　reserved.