YTHDF3　(YTH　domain　family　protein　3)能够特异性识别N6-甲基腺嘌呤(N6-methylladenosine,　m6A)修饰的RNA，参与调控mRNA加工代谢、正常生理和异常病理等重要生命进程，与许多癌症息息相关。研究YTHDF3与m6A修饰RNA的相互作用动力学及关键位点具有重要意义。在本工作中，采用分子动力学(Molecular　dynamics,　MD)模拟方法研究了YTHDF3单体及与甲基化RNA复合物的动力学性质。研究发现，甲基化RNA的结合使得YTHDF3结构更加紧凑，构象更加稳定。运动相关性分析揭示了YTHDF3上负责结合甲基化RNA的重要区域。最后，构造运动相关性加权的复杂网络，识别了参与m6A修饰特异性识别的关键残基，与实验结果高度吻合。另外，还识别了一些远离结合界面但对结构稳定发挥重要功能的残基。本研究有助于理解YTHDF3与m6A修饰RNA之间的相互作用和关键位点，可为靶向药物设计提供重要信息。